Flagellum Amāzonis, ou “O Flagelo da Amazônia”, é a segunda parte de uma aventura que será finalizada em cinco edições. A primeira parte, A Ilha Abandonada, começa com um grupo de aventureiros saindo de Salvador até a ilha de Marinatambal (moderna Marajó) para investigar a falta de notícias de um forte português, que acaba descobrindo eventos anormais que colocariam em risco toda a colônia. Ela termina com o grupo se preparando para empreender a maior jornada de suas vidas: explorar o Grande Rio, Amaru Mayu, A Mãe Serpente do Mundo, também conhecido como Rio das Amazonas. Esta segunda parte, descreve o início desta jornada e as aventuras que ocorrem durante este percurso. Não é necessário ter jogado Flagellum Amazonis 1: A Ilha Abandonada para desfrutar desta aventura.